Os voy a sacar de algunas dudas que planteáis.
Lo primero deciros que un submarino no es nada más que un barco convencional con una sola particularidad a nivel de ingeniería: que se puede sumergir totalmente, y con otra a nivel de estrategia: que es un arma bélica y de defensa. Ambas la convierten en diferente y han de tener un tratamiento diferente en base a ellas, pero sólo por esas dos razones.
Dicho esto, paso a explicaros otras cosas que mencionáis de pasada.
Lo primero, un barco suele atracar, la mayoría de las veces y en función de cómo esté diseñado el puerto, en paralelo al muelle y por razones operacionales de carga/descarga. El diseño de los muelles para estas naves está pensado desde el punto de vista de la defensa, es decir, son como garajes a gran escala en los que sólo un punto de la nave queda desprotegido (por la proa o por la popa, depende de cómo se atraquen), por eso son importantes esos 3 m. de diferencia, son 3 metros de desprotección en caso de ataque bélico.
Otra cosa distinta es la maniobrabilidad de las naves, todas ellas; un barco es un objeto rígido, de gran envergadura en eslora y calado y que no tiene maniobrabilidad como las ruedas de un coche que dirigen hacia un lado u otro el aparato, en función de cómo muevas el volante. Son aparatos de maniobrabilidad lenta y que tiene que ser perfectamente calculada con tiempo de antelación.
Si tenemos en cuenta la ría que ponéis de ejemplo, no habría diferencia entre un mercante (los de mayor envergadura), y un submarino, ambos tienen que maniobrar en flotación para el atraque (la maniobra de atraque comienza al aproximarse a puerto, no es sólo el atraque en muelle). Para poder atracar estos monstruos metálicos del mar hay que tener en cuenta la orografía del fondo marino, no la orografía de la ribera de la ría, ni tan siquiera la anchura de la misma (por esa lógica sería imposible atravesar el canal de Panamá, por ejemplo). Los mayores peligros se encuentran en las rocas sumergidas, no lo que pueda haber en los laterales. Lo que ocurre en la mayoría de puertos es que hay un Capitán específico que atraca todos los barcos que llegan a ese puerto, es la figura del práctico de puerto. Es decir, los barcos no suelen ser atracados por los Capitanes de los mismos, sino que los Armadores pagan a estos prácticos (que conocen el fondo marino como la palma de su mano), para atracar sin percance alguno. La necesidad de remolcadores suele ser improbable, salvo necesidades muy especiales.
Por todas estas razones, las bélicas y las operacionales, un submarino no puede compartir muelles de atraque con navíos mercantes, hay que darle prioridad a la seguridad, y la seguridad también pasa porque los Capitanes de los submarinos tengan una exención de practicaje del puerto en el que tienen el muelle base (coger práctico pondría en riesgo su seguridad), es decir, ellos han de ser prácticos en sí mismos conociendo el fondo marino como la palma de su mano, por esa razón no pueden tener muelles base en distintos puertos.
El tema del tráfico marítimo es otro cantar; aunque es muy desconocido, en puertos con mucho tráfico existe una torre de control (igual que en los aeropuertos), y son los encargados de regular el tráfico marítimo y de dar prioridad a unos y a otros frente a las salidas y atraques, así como de informar de la distancia que hay entre unos y otros para evitar colisiones.
Un ejemplo de esto: el puerto de Algeciras es uno de los puertos con más tráfico marítimo por confluir tráfico mercante procedente del Atlántico, tráfico entre España y Marruecos, y tráfico militar por el Peñón de Gibraltar. Son muchos los submarinos que navegan, en superficie o sumergidos, conjuntamente con los mercantes y, hasta ahora, nunca ha habido ningún problema de colisiones entre ellos.
Si necesitáis alguna aclaración más.... a vuestra disposición.