La cristianización de los yaquis fue lo que permitió que en el año de 1609 los religiosos se extendieran, penetrando en el territorio de Sonora.
Durante la Colonia, Sonora correspondía sólo a las vertientes de la Sierra Madre Occidental comprendidas en los límites de esa entidad. La región que iba del río Yaqui hacia el norte, incluido el Real de la Cieneguilla, recibía el nombre de Pimería Baja y la más septentrional desde ese Real hasta el río Colorado —ya en el actual estado norteamericano de Arizona— se llamaba Pimería Alta.
El actual territorio sonorense contempla también una pequeña comarca del suroeste de la entonces conocida como Pimería, ubicada en el estado de Chihuahua y Ostimuri, lugar situado en las costas del Golfo de California, entre los ríos Mayo y Yaqui.
En 1614 los misioneros Pérez de Rivas y Pedro Méndez cristianizaron a los mayos de la zona de Ostimuri, dividiendo la misión en tres Distritos: Santa Cruz (en la desembocadura del Mayo), Navojoa y Tesia.
Los tepahues se incorporaron junto con los cornicaris en 1620. El padre Miguel Godínez fundó las misiones de San Andrés de Cornicari y Asunción de Tepahui . Ese mismo año se fundó el Rectorado de San Ignacio, que comprendía además de las cinco misiones anteriormente mencionadas las de Bacúm, Torín y Rahún, localizadas en la desembocadura del Yaqui.
En 1617 los yaquis fueron convertidos por los padres Pérez de Rivas y Tomás Basilio. A pesar de padecer levantamientos, motines, tormentos y homicidios la conversión de Sonora fue más rápida y afianzada. Para el siglo XVII los jesuitas se expandieron y fundaron la misión de Maycoba y Yecora en la parte suroeste de lo que conocían como Chínipas.
Las misiones comprendidas desde el río Yaqui hacia el norte se encontraban divididas en cuatro rectorados: el de San Borja agrupaba las misiones de: Cucumaripa y Tecoripa , fundadas en 1619; Movas y Onovas, en 1622; Sahuaripa en 1627; Matape en 1629; Onapa en 1677 y Arivechi , en 1727. El Rectorado de los Tres Santos Mártires del Japón que comprendían Batuco fundada en 1627, Oposura en 1640 y Bacadeguachi , Guazavas , Santa María Baceraca y San Miguel Bavispe , fundadas en 1645. Y el Rectorado de San Javier que integraba a las misiones de Ures en 1636; Aconchi, Opodepe y Banámichi en 1639; Cucurpe y Arizpe en 1648, y Cuaquiárachi en 1655.
En 1687 penetró a la Pimería Alta, el misionero Eusebio Francisco Kino y dio principio a las misiones del Rectorado de Nuestra Señora de los Dolores, fundando: Caborca, a la que fue asignado Francisco Javier Saeta que mantiene correspondencia con su apoyo espiritual, el padre Kino; Atil, Tubutama, Nuestra Señora de los Dolores de Saric, Pitiquito, Aiil, Oquitoa, Magdalena, San Ignacio, Cocóspera e Imuris.
Tras la expulsión de los jesuitas las misiones quedaron a cargo de los franciscanos, quienes no edificaron ninguna más y sólo se limitaron a tratar de conservar las ya existentes. Una vez que los jesuitas ya habían establecido asentamientos en Sinaloa y Sonora, dirigieron sus ojos hacia el territorio californiano.
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